Set-MgUserLicenseコマンドでユーザーにライセンスを割り当てようとしたら以下のエラーメッセージが表示されました。
Multiple resources were found for the specified identifier.
原因はエラーメッセージの通り、コマンド実行時に指定した識別子だと複数のリソース(ユーザー)が見つかってしまったというのが原因です。
ユーザーは一意と思いがちですが、ゴミ箱にあるユーザーアカウントも処理の対象になるようで、私の場合は同じメールアドレスのアカウントをテスト的に何度も作成・削除を繰り返していたので、この状況に遭遇しました。
ということで該当のユーザーを完全に削除する必要があるのでMicrosoft 365 管理センターのDeleted usersから該当のユーザーを削除することで無事エラーを解消することが出来ました。