以下コマンドで同期されます。
aws s3 sync C:\test s://test-bucket --delete
--deleteオプションは同期元で削除したファイルを同期先でも削除するオプションです。
S3にバケットが無い場合は以下コマンドで作成します。もちろんWebコンソールで作成してもOKです。
aws s3api create-bucket --bucket new-bucket-name --create-bucket-configuration LocationConstraint=ap-northeast-1
同等の事をしようと調べていたらローカルデータをS3と同期するツールにS3sync.rbというRubyのスクリプトが見つかりましたが、Google Trendsを見てみるとAWS CLIが公開される前に使われていたツールなのかな?と思いました。